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LE DOGME CENTRAL DE LA GENETIQUE

Le modèle classique, énoncé par Crick et Watson dans les années 50 est fondé sur le dogme central de la génétique :
Le dogme central établit la liaison qui existe entre le matériel génétique contenu dans la cellule et les protéines que cette cellule synthétise.

Dogme central de la biologie cellulaire

Le passage du gène à la protéine se fait en deux étapes :

Tout d'abord le segment de la molécule d' ADN (molécule à deux brins) correspondant au gène est copié sur un brin d' ARN (molécule à simple brin), que l'on appelle "ARN messager" (ou ARNm), c'est la transcription.

Puis ce brin d'ARNm migre dans le cytoplasme et est à son tour recopié, mais dans un langage différent, celui des acides aminés, pour donner la séquence correspondant à la protéine synthétisée, c'est la traduction. La séquence ainsi constituée prend alors une forme spatiale qui lui est spécifique pour devenir à proprement parler la protéine.

Ces deux étapes sont très différentes :

En effet pour la première on garde pratiquement le même alphabet, il s'agit donc simplement d'une recopie du gène.

Cette recopie a essentiellement deux intérêts :

elle permet de recopier le gène sur un seul brin, forme moins stable mais qui rendra plus simple le processus de traduction.

En outre, seul l'ARNm se déplace hors du noyau ce qui protège la molécule d'ADN. L'étape de recopie peut donc être vue comme une préservation de la molécule d'ADN, vitale pour la cellule.

La seconde étape, par contre, est une vraie traduction car on passe de l'alphabet à quatre lettres de l'ADN à l'alphabet à vingt lettres des acides aminés.

Voyons à présent plus en détail ces deux étapes.

La transcription

L'étape de transcription consiste en la recopie d'un segment de brin d'ADN sur une molécule d'ARNm.

Trois étapes se succèdent :

Initiation:
Pour que les enzymes intervenant dans cette transcription (ARN polymérase) reconnaissent le début et la fin d'un gène au milieu de la longue séquence des nucléotides de l'ADN, chaque gène possède des bornes. Celle qui permet le départ de la transcription est appelée promoteur. Quelque soit le gène, cette zone contient une séquence de nucléotides, succession de Thymine et Adénine, appelée TATA box (ou boite TATA pour les anglophobes).
Élongation :
L'enzyme sépare alors les deux brins d'ADN sur une dizaine de nucléotides et permet l'appariement des nucléotides du futur ARNm. Seul un des deux brins d'ADN servira de matrice. Au fur et à mesure, l'enzyme avance et poursuit la transcription.
La transcription s'effectue par empreinte des bases complémentaires.

ADN
ARNm
T
A
G
C
A
U
C
G

transcription

Terminaison :
Quand l'ARN polymérase arrive sur la "borne de fin" du gène, le site de terminaison, elle cesse son activité et libère l'ARNm.

Lors de la transcription ce n'est pas qu'un seul ARNm qui est formé mais plusieurs dizaines voire centaines ou milliers. On peut ainsi observer en microscopie des fibres d'ADN d'où partent plusieurs petites branches dont l'ensemble forme une sorte d'écouvillon.

Transcription d'information génétique par ARN messager

La zone couverte par ces "branches" est un gène, les branches sont les ARNm en formation.

La maturation des ARN messagers

Juste après la transcription, le messager est une copie conforme du brin d'ADN.

Toutefois chaque gène est constitué de morceaux codant pour la protéine - les exons - séparés par des morceaux d'ADN ne participant pas au codage de la protéine - les introns.

Pour pouvoir synthétiser une protéine, il faudra auparavant supprimer ces introns.

Lors de la transcription, ces introns restent dans le code, ils ne seront éliminés que pendant la phase de maturation ultérieure.

Dans un premier temps, les introns vont être éliminés et les exons raccrochés bout à bout pour reconstituer la continuité de la molécule d'ARN. Cette phase s'appelle l'épissage. La façon dont la cellule reconnaît les introns au sein de l'ARN pré-messager est encore mal connue.

Schéma de l'épissage

La traduction

Il s'agit de passer de l'alphabet à quatre lettres (bases) A, U, C, G à l'alphabet des acides aminés qui sont une vingtaine. Il faut donc plusieurs bases pour pouvoir coder un acide aminé.

Ceux-ci sont codés par des triplets de 3 lettres, les codons, au nombre de 64, ce qui implique que ce codage est redondant (plusieurs codons possibles pour le même acide aminé).

Schéma Codons

L'ARN messager va ensuite se placer sur une unité d'assemblage des protéines, le ribosome, où il sera traduit pour élaborer une séquence d'acides aminés nécessaires à la synthèse des protéines.

Ribosome

L'ARN messager est lu par le ribosome qui associe à chaque codon, par l'intermédiaire d'une molécule d'ARN particulière (l'ARN de transfert), l'acide aminé qui lui correspond.

schéma ribosome

 

Les acides aminés s'assemblent ensuite pour former la protéine

Vidéos disponibles sur la traduction et la synthèse des protéines sur http://perso.wanadoo.fr/biomultimedia/archiv/traduc.htm

 

DE NOUVELLES VOIES POUR LA GENETIQUE ?

 

On l'a vu, selon le dogme central un gène code spécifiquement pour un ARN qui code spécifiquement pour une protéine. Le modèle initial n'envisage pas de rétroaction possible entre l'environnement et la structure de l'ADN.
Le génotype contenu dans l'ADN (et l'ensemble du matériel génétique contenu dans le noyau) se comporte comme une sorte de "programme" qui se déroulerait linéairement et non seulement construirait le phénotype de l'espèce, de l'embryon à l'adulte, mais aussi une part du destin individuel.
On a ainsi annoncé dans les années 80 la découverte du gène de la fidélité conjugale ou du sport…

Au fond, l'essentiel est déjà inscrit dans le génome de la première cellule née de la pénétration du spermatozoïde dans l'ovule.

Cela suppose également que la molécule ADN initiale contient aussi le programme de sa propre différenciation, au moment du développement embryonnaire. Il faut admettre que le "plan de montage" de l'espèce en général et de l'individu en particulier est livré "clés en main" avec le génotype.
C'est ce modèle qui a fondé les espoirs que l'on met dans le déchiffrage des génomes et les investissements financiers et technologiques considérables que l'on y consacre. Puisqu'au fond tout est génétique, il suffirait de trouver la clé de ce langage particulier de programmation pour pouvoir "corriger" le vivant.

 

génome

Ce modèle a amené quelques succès en thérapie génique, succès cependant moins importants que les espoirs suscités au départ, des avancées importantes dans le domaine des biotechnologies (les techniques de clonage, les organismes génétiquement modifiés…), la mise au point de tests de dépistages fiables pour certaines maladies génétiques, ce qui lui a valu d'être le modèle d'explication dominant pendant les dernières décennies.

Cependant il peine à fournir les outils pour permettre la compréhension de phénomènes aussi essentiels que l'embryogénèse, la différenciation cellulaire, les mécanismes immunitaires.

En outre, beaucoup de découvertes récentes sont difficilement compatibles avec le modèle explicatif classique:

la plus grande partie (plus de 95 %) du génome n'est pas constitué de gènes, mais de parties non codantes (selon les auteurs, on les appelle l'ADN "poubelle" ou l'ADN "égoïste"). On ignore le rôle exact de ces parties non codantes, mais on pense aujourd'hui qu'elles jouent un rôle dans les mécanismes de régulation des gènes.

Les gènes n'ont pas un mode d'expression unique. Leur expression est régulée par d'autres gènes, ou par d'autres molécules, qui ont pour effet de pouvoir les activer ou les désactiver, moduler leur niveau d'activité, subordonner leur activité à certaines conditions environnementale ou à l'état d'activité d'autres gènes…

Il n'y a pas de lien spécifique entre un gène et son produit. En réalité un gène peut coder pour plusieurs ARN, et de la même manière un même ARN peut donner différentes protéines.

Une même protéine peut avoir différentes fonctions selon les associations moléculaires dans lesquelles elle entre.

Les ARN et les protéines peuvent avoir une action sur le génome et même parfois le modifier .

Les conditions environnementales peuvent également modifier l'action d'un gène, et même modifier durablement le génome, et ces modifications peuvent être transmises héréditairement.

Le nombre de gènes du génome est sans rapport avec la complexité d'un organisme. Le blé a 100 000 gènes contre 25 000 pour l'homme !

Des chercheurs ont donc tendance aujourd'hui à vouloir explorer d'autres voies de recherche, intégrant la systémique, les réseaux, le hasard/sélection. Ils rejettent l'idée d'une programmation inscrite a priori dans une simple molécule (l'ADN).
On met l'accent sur l'instabilité et la variabilité des états moléculaires du génome, sur le rôle du matériel génétique non codant présent dans l'ADN et la chromatine, sur les réseaux d'interactions au niveau moléculaire et cellulaire, sur l'impact de l'environnement, sur l'aspect dynamique de la biologie.
La cellule n'est plus "programmée" pour construire l'individu dont elle fait partie. Elle est conçue comme faisant partie d'un écosystème. Elle doit s'adapter pour tirer partie des ressources nutritives environnantes ou mourir, elle subit des pressions environnementales capables d'influer sur son comportement.
De même que le cours des astres n'est pas le résultat d'un programme, mais découle de la mise en œuvre des lois physiques simples, mathématisables, la biologie pourrait s'appuyer sur les outils mis au points par les mathématiciens et les physiciens pour modéliser l'apparent désordre du vivant.

 



 

 

 

 

 


© P.Alquié et M.H Berger et d'autres de notre Groupe
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